Изначально в программе нерабочее оплачиваемое время и начисленные за него суммы включались в последующие расчеты среднего заработка. Но, Минтруд выразил другую позицию (письмо от 18.05.2020 № 14-1/В-585): если сотрудник не работал в нерабочие периоды по Указам президента и получал за это зарплату, то, ни такое время, ни его оплату не нужно включать в расчеты среднего заработка.

В версии 3.1.14.60 программы "1С:Зарплата и управление персоналом 8" (ред. 3) реализована данная позиция. Какие необходимо сделать настройки для этого, читайте здесь.