При переходе на УСН не нужно восстанавливать НДС по ремонтно-строительным работам, если их результаты использовались как до, так и после этого перехода.
ФАС Северо-Западного округа в постановлении от 04.06.2013 № А44-6332/2012 рассмотрел вопрос о том, должна ли организация восстанавливать "входной" НДС по ремонтно-строительным работам при переходе на УСН. Суд указал, что восстановлению подлежит ранее принятый к вычету НДС по работам, если в дальнейшем их результаты используются в деятельности лица, которое не является плательщиком этого налога (пп. 2 п. 3, пп. 3 п. 2 ст. 170 НК РФ). Однако порядок и методика восстановления НДС по работам, результаты которых используются как до, так и после перехода на спецрежим, не установлены Налоговым кодексом РФ. Исходя из этого, суд пришел к выводу, что при переходе с общего на упрощенный режим налогообложения суммы НДС по ремонту помещений восстанавливать не нужно.
Подробнее о необходимости восстановить НДС при переходе на спецрежим см. Справочник "Упрощенная система налогообложения".