НДС, доначисленный по результатам проверки и добровольно уплаченный в бюджет, можно учесть в расходах.
ФАС Северо-Западного округа в постановлении от 02.04.2013 № А42-1576/2012 рассмотрел следующую ситуацию. Налоговый орган доначислил организации НДС, который она не предъявляла контрагентам и, соответственно, не уплачивала в бюджет. Доначисленная сумма была добровольно уплачена организацией в бюджет и отнесена в расходы. Инспекция посчитала действия налогоплательщика неправомерными. Суд указал, что п. 19 ст. 270 НК РФ прямо запрещено учитывать в расходах суммы НДС, предъявленные покупателю. Однако в данном случае налог контрагентам не предъявлялся, следовательно, норма п. 19 ст. 270 НК РФ не применима. Таким образом, доначисленная и впоследствии добровольно уплаченная сумма НДС соответствует критериям расходов, учитываемых при исчислении налога на прибыль.
Подробнее о том, как учесть в расходах налоги и сборы, таможенные пошлины и сборы см. Справочник "Налог на прибыль организаций"