Налогоплательщик заключил договор поставки товаров, длительность производственного цикла которых – свыше 6 месяцев. При получении авансов по этому договору в 3-м квартале он не исчислял НДС в соответствии с п. 13 ст. 167 НК РФ, поскольку подтвердил налоговому органу длительность производственного цикла.

Для изготовления товаров налогоплательщик приобретал комплектующие. Вычет авансового НДС по ним он заявил в том же периоде, т.е. в 3-м квартале, руководствуясь п. 9 ст. 172 НК РФ.

Однако налоговый орган счел заявление вычетов неправомерным и доначислил НДС, с чем согласился суд. Ведь если налогоплательщик пользуется льготой по п. 13 ст. 167 НК РФ и не исчисляет НДС с предоплаты за товары с длительным производственным циклом, то вычет входного НДС он применяет в специальном порядке – в момент определения налоговой базы, то есть при отгрузке этих товаров (п. 7 ст. 172 НК РФ).

Кроме того, суд отметил, что следует восстановить ранее принятый НДС к вычету по товарам, которые начали использоваться в производстве товаров с длительным производственным циклом. Сделать это следует в том периоде, в котором было получено заключение, подтверждающее длительность производственного цикла. Такие выводы содержатся в постановлениях АС Поволжского округа от 27.08.2015 № Ф06-26670/15, Волго-Вятского округа от 08.09.2015 № Ф01-3406/15, определении ВАС РФ от 09.06.2012 № ВАС-3991/12. Контролирующие органы придерживаются аналогичного подхода (см. письмо Минфина России от 11.03.2015 № 03-07-11/12532, ФНС России от 14.08.2015 № ГД-4-3/14389@).

Общий порядок применения вычета с авансов рассмотрен в справочнике "Налог на добавленную стоимость".