Данному вопросу посвящено письмо Минфина России от 10.02.2012 № 03-07-09/05. Пунктом 3 ст. 168 НК РФ предусмотрено, что при изменении стоимости отгруженных товаров, в том числе в случае уточнения их количества, продавец выставляет покупателю корректировочный счет-фактуру не позднее пяти календарных дней со дня составления документов, указанных в п. 10 ст. 172 НК РФ (договора, соглашения или иного первичного документа, подтверждающего согласие (факт уведомления) покупателя на изменение стоимости отгруженных товаров). Поэтому корректировочные счета-фактуры в связи с уточнением количества отгруженных товаров выставляются продавцом при наличии указанных документов. В свою очередь обязанность покупателя по восстановлению НДС установлена пп. 4 п. 3 ст. 170 НК РФ применительно к суммам налога, принятым к вычету.

Если же расхождение по количеству товаров в сторону уменьшения установлено покупателем до принятия товаров на учет, то вычет, согласно разъяснениям Минфина России, осуществляется в порядке, установленном п. 1 ст. 172 НК РФ, то есть на основании счета-фактуры, выставленного при отгрузке, но только в части товаров, фактически принятых на учет. Таким образом, суммы НДС по недостающему количеству товаров вычетам у покупателя и, соответственно, восстановлению не подлежат.

Поэтому данные по корректировочному счету-фактуре, выставленному продавцом при изменении стоимости отгруженных товаров в связи с уточнением их количества в сторону уменьшения, а также данные первичных документов на уменьшение стоимости отгруженных товаров в книге продаж у покупателя не отражаются.

По данному вопросу см. также Справочник «Налог на добавленную стоимость».