В письме от 10.08.2015 г. № СД-4-15/13914@ ФНС России назвала случаи, при которых налоговый орган может истребовать у налогоплательщика НДС счета-фактуры, журналы их учета, а также книги покупок и продаж.

Во-первых, выявление противоречий в декларации по НДС, а также несоответствий данных декларации сведениям об указанных операциях в декларации, журнале учета счетов-фактур других лиц, если это свидетельствует о занижении НДС к уплате или завышении НДС к возмещению (п. 8.1 ст. 88 НК РФ).

Во-вторых, при заявлении суммы НДС к возмещению. Объясняется это тем, что положения п. 8 ст. 88 НК РФ позволяют налоговому органу в ходе камеральной проверки декларации с суммой НДС к возмещению истребовать у налогоплательщика документы, подтверждающие в соответствии со ст. 172 НК РФ вычеты. Статья 172 НК РФ относит счета-фактуры, а также первичные документы к документам, подтверждающим вычет. Кроме того, налоговая декларация включает в себя сведения из книги покупок и продаж налогоплательщика (ст. 5.1 ст. 174 НК РФ). Поэтому даже при отсутствии противоречий и несоответствий в декларации по НДС журналы учета счетов-фактур, книгу покупок и продаж являются предметом камеральной проверки и могут быть истребованы.

Такой подход не бесспорный. Связано это с тем, что книга покупок (продаж), журнал учета счетов-фактур не расцениваются положениями ст. 172 НК РФ как документы, подтверждающие право на налоговый вычет. А иные документы налоговый орган в ходе камеральной проверки декларации по НДС истребовать не вправе (п. 7 ст. 88 НК РФ).

Отметим, что в письме налоговый орган говорит о представлении налогоплательщиком копий книг продаж и покупок, счетов-фактур и журналов их учета. Вместе с тем из правил п. 2 ст. 93 НК РФ следует, что если истребуемые документы составлены налогоплательщиком в электронной форме по утвержденным форматам, то он вправе направить их в налоговый орган также в электронном виде.

Подробности в справочнике "Налог на добавленную стоимость".