Вычет НДС в случае приобретения товаров на экспорт и для внутренней реализации осуществляется по разным правилам. Так, в общем случае НДС принимается к вычету, если:

• товары предназначены для использования в операциях, облагаемых НДС;

• от контрагента получен счет-фактура.

При этом вычет правомерно заявить в том периоде, когда товары приняты на учет (п. 1, 2 ст. 171, п. 1 ст. 172 НК РФ).

В отношении экспорта ситуация другая. Вычет НДС производится на момент определения налоговой базы по экспортной операции, то есть на последнее число квартала, в котором собран полный пакет подтверждающих документов (п. 9 ст. 167, п. 3 ст. 172 НК РФ).

Если налогоплательщик использует товары и в экспортных операциях, и на внутреннем рынке, то для определения суммы НДС к вычету необходимо вести раздельный учет предъявленных сумм налога. На это указал Минфин России в письме от 14.07.2015 № 03-07-08/40366. Ведомство отметило, что порядок его ведения в описанном случае нормами НК РФ не предусмотрен. Поэтому организация вправе разработать правила ведения данного учета самостоятельно, прописав такие положения в учетной политике.

К примеру, сумму НДС, относящуюся к операциям экспорта (облагаемым по нулевой ставке), можно определять как отношение стоимости товаров, отгруженных на экспорт, в к общей стоимости отгруженных в текущем периоде товаров.

Аналогичные рекомендации специалисты ведомства давали и ранее (см. письмо Минфина России от 11.04.2012 № 03-07-08/101). Эту позицию разделяет и налоговая служба. В письме от 06.06.2013 № ЕД-4-3/10435 ФНС России дополнительно пояснила, что в случае, когда налогоплательщику при приобретении товаров изначально известно, что они будут экспортированы, неправомерно заявлять НДС к вычету в момент их оприходования. Если это все-таки будет сделано, налог потребуется восстановить в момент отгрузки таких товаров на экспорт (пп. 5 п. 3 ст. 170 НК РФ).

Подробнее о том, в каком порядке экспортеру нужно вести раздельный учет НДС, см. статью-рекомендацию справочника "Налог на добавленную стоимость".