Трудовым договором с работником может быть предусмотрено, что он выполняет трудовые обязанности по месту работы за пределами РФ (например, в иностранном филиале российской организации). В таком случае доход от трудовой деятельности будет относиться к доходу от источников за пределами РФ. Поэтому работодатель не должен исполнять обязанности налогового агента по НДФЛ.

Если такой сотрудник является налоговым резидентом РФ, то он платит НДФЛ самостоятельно (пп. 6 п. 3 ст. 208, пп. 3 п. 1 ст. 228 НК РФ). Если сотрудник не является резидентом, то полученный им доход не облагается НДФЛ (пп. 6 п. 3 ст. 208, ст. 209 НК РФ). Такие разъяснения дает Минфин России (см. письма от 05.06.2015 № 03-04-06/32801, от 06.07.2015 № 03-04-06/38878).

Отметим, если в трудовом договоре место работы – Российская Федерация, а сотрудник трудится за ее границей (например, командирован в иностранную компанию), то порядок налогообложения его доходов иной. Ведь в таком случае доход считается полученным от источника в РФ. Так, со среднего заработка за период командировки будет исчислять, удерживать и уплачивать в бюджет работодатель. Подробнее см. справочник "Налог на доходы физических лиц".