Комиссия, которую организация на УСН оплачивает банку при перечислении средств на зарплату со своего расчетного счета на банковские счета работников, можно учесть для целей налогообложения. На это указал Минфин России в письме от 05.12.2017 № 03-11-11/80622.

По нормам Налогового кодекса в расходах при УСН учитываются затраты по оплате услуг, оказываемых кредитными организациями (пп. 9 п. 1 ст. 346.16 НК РФ). К таким услугам, в частности, относится перевод денежных средств по поручению юридических лиц по их банковским счетам (ст. 5 Федерального закона от 02.12.1990 № 395-1 "О банках и банковской деятельности"). Следовательно, названная комиссия является платой за банковскую услугу по переводу денежных средств и ее можно учесть в расходах при применении УСН.

Подробнее о расходах, учитываемых при УСН, см. в справочнике "Упрощенная система налогообложения".