По действующим правилам при оказании услуг на территории государств-членов ЕАЭС (России, Белоруссии, Казахстана, Кыргызстана, Армении) НДС взимается в том государстве, территория которого признается местом реализации услуг.

Некоторые российские организации открывают филиалы на территории государств-членов ЕАЭС и регистрируют их в налоговых органах этих государств (в частности, в Республике Казахстан). Если такой филиал оказывает услуги по перевозке грузов с территории государства-члена ЕАЭС (например, с территории Республики Казахстан) на территорию РФ, то территория РФ местом реализации услуг не признается (так как филиал является налогоплательщиком иностранного государства) и, следовательно, российская организация НДС не исчисляет.

В письме от 24.11.2017 № 03-07-13/1/77926 Минфин России пояснил, что это следует из Протокола о порядке взимания косвенных налогов (Приложение № 18 к Договору о ЕАЭС от 29.05.2014), согласно которому местом реализации услуг по перевозке признается территория того государства-члена ЕАЭС, налогоплательщик которого оказывает такие услуги.

Подробнее об НДС при оказании услуг на территории ЕАЭС см. в справочнике "Налог на добавленную стоимость".