За нарушение срока уплаты налогов плательщику начисляются пени за каждый календарный день просрочки (ст. 75 НК РФ). Это касается и налоговых агентов, несвоевременно уплативших НДФЛ.

Однако пени не начисляются, если НДФЛ, уплачиваемый за обособленное подразделение, поступил в бюджет по месту нахождения организации (такое возможно, если налоговый агент при заполнении платежного поручения на уплату НДФЛ вместо реквизитов подразделения ошибочно указал реквизиты организации).

На это указала ФНС России в письме от 24.11.2017 № ГД-4-11/23852.

Ссылаясь на арбитражную практику (определение ВАС РФ от 10.03.2015 № 305-15КГ-157 по делу № А40-19592/14, постановление Президиума ВАС РФ от 23.07.2013 № 784/13 по делу № А06-9384/2011, постановление ВАС РФ от 24.03.2009 № 14519/08) ФНС отметила, что уплата налога в установленный срок в иной бюджет не ведет к образованию недоимки и поэтому не может рассматриваться как основание для начисления пеней, так как налог поступил в бюджет. При такой уплате нарушение заключается в порядке перечисления НДФЛ (налог зачислен не в тот бюджет). Однако Налоговым кодексом ответственность за указанное нарушение не предусмотрена.

Подробнее о применении санкций при уплате НДФЛ за обособленное подразделение по месту нахождения организации см. в справочнике "Налог на доходы физических лиц".