Если работодатель считает экономически целесообразным использовать личный автомобиль сотрудника в служебных целях, он может выбрать один из двух вариантов:

• выплачивать сотруднику компенсацию на основании ст. 188 ТК РФ;
• заключить с сотрудником договор аренды транспортного средства без экипажа на основании ст. 642 - 649 ГК РФ и выплачивать соответствующее вознаграждение.

Компенсация отражается по подстатье 212 КОСГУ в рамках трудовых отношений, вознаграждение - по подстатье 224 КОСГУ в рамках гражданско-правовых отношений. Следовательно, порядок бухгалтерского учета в этих двух случаях будет разным.

В новых практических статьях справочников хозяйственных операций показано, как провести в программе выплату вознаграждения сотруднику по договору аренды транспортного средства:

• по "1С:БГУ 8" для бюджетных и автономных учреждений;
• по "1С:БГУ 8" для казенных учреждений.

В отдельных примерах рассмотрена выплата компенсации сотрудникам бюджетных и казенных учреждений согласно нормам трудового законодательства.

О порядке налогообложения операций подробно читайте здесь: https://its.1c.ru/db/contracts#content:150:hdoc: