Если организация прекращает использовать основное средство по причине его морального или физического износа, она списывает первоначальную стоимость объекта и начисленную по нему амортизации (счета 01 и 02). Разница между данными суммами определяется на счете  01 "Основные средства" (субсчет 01.09 "Выбытие основных средств"), как остаточная стоимость, и относится в дебет счета 91.02 "Прочие расходы" с последующим списанием на финансовые результаты.

Подробнее о списании основного средства с неполной амортизацией, см. в актуализированной статье "Справочника хозяйственных операций. 1С:Бухгалтерия 8":

• Списание основного средства пришедшего в негодность (неполная амортизация).