После получения предоплаты от покупателя в соответствии с договором продавец может отгрузить товары (выполнить работы, оказать услуги) на сумму, которая меньше суммы полученного аванса. Но если с этим покупателем продолжаются договорные отношения, то оставшаяся часть аванса по соглашению сторон может быть зачтена как предоплата в счет отгрузки товаров (выполнения работ, оказания услуг) по другому договору.

По действующим правилам продавец может принять к вычету НДС, уплаченный в бюджет с полученной предоплаты, при отгрузке товаров (работ, услуг) либо при возврате сумм авансовых платежей (в случае изменения условий или расторжения соответствующего договора).

В письме от 02.11.2017 № 03-07-11/72105 Минфин России пояснил, что при зачете аванса в счет другого договора принять к вычету НДС на дату зачета продавец не может, поскольку сумма покупателю не возвращается. Этот НДС он вправе принять к вычету с даты отгрузки товаров (выполнения работ, оказания услуг) по новому договору.

Подробнее об исчислении НДС при зачете авансов см. в справочнике "Учет по налогу на добавленную стоимость".