НДФЛ – федеральный налог, часть которого (согласно нормам Бюджетного кодекса) зачисляется в местные бюджеты, в том числе в местный бюджет по месту нахождения обособленного подразделения.

Если организация в платежном поручении на уплату НДФЛ неправильно укажет реквизиты обособленного подразделения (в частности, ОКТМО), то налог может попасть не в тот местный бюджет.

В письме от 09.08.2017 № ГД-4-11/15676@ ФНС России указала, что в такой ситуации налоговый орган не вправе начислять организации пени за неуплату налога, поскольку недоимки в бюджетной системе РФ в этом случае не образуется.

Для устранения ошибки организации следует подать в соответствующий налоговый орган заявление с просьбой об уточнении платежа.

Порядок уплаты НДФЛ налоговым агентом см. в справочнике "Налог на доходы физических лиц".