Уменьшить стоимость выполненных работ (оказанных услуг) продавец может после оплаты этих работ (услуг). Нередко при возникновении такой ситуации стороны договариваются, что образовавшуюся переплату продавец покупателю не возвращает, а засчитывает в счет предстоящего выполнения работ (оказания услуг) по другим договорам, заключенным с этим покупателем.

В письме от 03.10.2017 № 03-07-11/64367 Минфин России указал, что такую сумму переплаты продавцу следует признавать предоплатой в счет предстоящего выполнения работ (оказания услуг) и включать ее в налоговую базу по НДС в том налоговом периоде, в котором договором, соглашением или иным первичным документом подтверждено согласие (факт уведомления) покупателя на уменьшение стоимости выполненных работ (оказанных услуг).

Подробнее об исчислении НДС с аванса см. в справочнике "Налог на добавленную стоимость".