Если работник-нерезидент РФ с доходами, которые облагались НДФЛ по ставке 30 процентов, в течение налогового периода стал резидентом РФ и этот статус до конца года не изменился, то все доходы, полученные работником с начала налогового периода, подлежат обложению НДФЛ по ставке 13 процентов. Об этом напомнил Минфин России в письмах от 26.09.2017 № 03-04-06/62127, № 03-04-06/62126.

Минфин отметил, что в описанном случае организация засчитывает суммы налога, удержанные по ставке 30 процентов, в счет уплаты налога по ставке 13 процентов с месяца получения работником статуса резидента РФ.

Если по окончании года останется незачтенная сумма НДФЛ, подлежащая возврату работнику, то этот возврат производится налоговым органом по месту жительства (месту пребывания) работника.

Разъяснения поддерживаются в учетных решениях "1С:Предприятия 8".

Подробнее о перерасчете НДФЛ при смене статуса работника в течение года см. в справочнике "Налог на доходы физических лиц".