Если сотрудник заболел в командировке, то в соответствии с законодательством работодатель обязан начислить ему пособие по временной нетрудоспособности за период болезни после предоставления больничного листа. Дни временной нетрудоспособности не включаются в срок командировки, поэтому пособие по временной нетрудоспособности за эти дни заменяет средний заработок, который сохраняется на период командировки.

О том, как в "1С:Зарплате и управлении персоналом 8" (ред. 3) начислить пособие по временной нетрудоспособности во время командировки, читайте в актуализированной статье справочника "Кадровый учет и расчеты с персоналом в программах 1С":

• Начисление пособия по временной нетрудоспособности (сотрудник заболел в служебной командировке).