Организация может заключить договор на аренду автомобиля со своим сотрудником, а также с физическим лицом, не зарегистрированным в качестве индивидуального предпринимателя. Доход гражданина от сдачи в аренду автомобиля облагается НДФЛ. Начисленную сумму налога работодатель обязан удержать при выплате физическому лицу. Не позднее следующего дня организация обязана перечислить удержанный налог в бюджет.

О том, как в "1С:Зарплате и управлении персоналом 8" (ред. 3) и в "1С:Бухгалтерии 8" (ред. 3.0) отразить НДФЛ с дохода по договору аренды автомобиля у сотрудника (и не сотрудника), читайте в актуализированной статье справочника "Кадровый учет и расчеты с персоналом в программах 1С":

• НДФЛ с дохода по договору аренды автомобиля.