Если договором предусмотрена неустойка за нарушение сроков внесения предоплаты, то ее можно взыскать.

В целях бухгалтерского учета суммы полученных штрафов и пеней за нарушение условий договора признаются прочими доходами и признаются на дату признания должником.

Подробнее о том, как в "1С:Бухгалтерии 8" начислить и учесть пени покупателю на просроченную предоплату см. в новой статье "Справочника хозяйственных операций. 1С:Бухгалтерия 8":

• Начисление неустойки (штрафа, пеней) за просрочку авансового платежа по договору (учет у продавца).