Плательщики, применяющие УСН, при переходе на общий режим налогообложения вправе принять к вычету НДС, который предъявлен им при приобретении товаров (работ, услуг) в период применения УСН, но который не был отнесен к расходам при применении спецрежима. Об этом сказано в п. 6 ст. 346.25 НК РФ.

В письме от 01.09.2017 № 03-07-11/56374 Минфин России пояснил, что названная норма касается только плательщиков, применявших до перехода на общий режим налогообложения УСН с объектом "доходы минус расходы". На налогоплательщиков с объектом "доходы" эта норма не распространяется. В частности, организация, применявшая УСН с объектом "доходы", не вправе принять к вычету НДС, относящийся к складскому комплексу, который был построен в период применения спецрежима, а введен в эксплуатацию после перехода на общий режим налогообложения.

Минфин отметил, что аналогичная точка зрения высказана Конституционным Судом РФ в определении от 22.01.2014 № 62-О. В этом документе суд указал, что п. 6 ст. 346.25 НК РФ урегулирован случай, когда соответствующие суммы НДС не были отнесены к расходам в рамках УСН при выборе налогоплательщиком в качестве объекта налогообложения доходов, уменьшенных на величину расходов. В связи с этим такие налогоплательщики при переходе на общую систему налогообложения получили возможность принять к вычету суммы НДС, подлежавшие отнесению, но не отнесенные ими к расходам при применении спецрежима. Что же касается налогоплательщиков на УСН с объектом "доходы", то эта норма ими не применяется, поскольку они не определяют расходы для целей налогообложения.

Отметим, что ранее Минфин России считал, что организация, применявшая УСН с объектом "доходы", имеет право принять к вычету НДС, относящийся к объекту недвижимости, который был построен в период применения спецрежима, а введен в эксплуатацию после перехода на общий режим налогообложения (письмо от 16.02.2015 № 03-11-06/2/6844).

Подробнее о налогообложении при утрате права на УСН см. в справочнике "Упрощенная система налогообложения".