Согласно абз. 1, 2 п. 1 ст. 78.1 БК РФ в бюджетах предусматриваются субсидии бюджетным и автономным учреждениям на возмещение нормативных затрат, связанных с оказанием государственных (муниципальных) услуг (выполнением работ) в соответствии с заданием. Также бюджетным и автономным учреждениям могут предоставляться из бюджетов субсидии на иные цели.

Операции с целевыми субсидиями, которые поступают бюджетным учреждениям, учитываются на отдельных лицевых счетах (ч. 8 ст. 30 Федерального закона от 08.05.2010 № 83-ФЗ, далее - Закон № 83-ФЗ). Согласно пп. 5, 8.2 Порядка, утв. приказом Казначейства России от 17.10.2016 № 21н, такому виду лицевого счета присваивается код 21.

По общему правилу остаток целевой субсидии, не использованный в текущем финансовом году, бюджетное учреждение должно перечислить в бюджет (ч. 18 ст. 30 Закона № 83-ФЗ), но решением учредителя этот остаток может использоваться учреждением в очередном финансовом году при наличии потребности в направлении средств на те же цели. Аналогичное положение установлено в ч. 3.17 ст. 2 Федерального закона от 03.11.2006 № 174-ФЗ "Об автономных учреждениях".

Учет любых операций с субсидиями на иные цели ведется на счетах рабочего плана счетов с указанием в разряде 18 кода 5 "Субсидии на иные цели". Расчеты с учредителем по предоставленной целевой субсидии отражаются на счете 5 205 81 000 "Расчеты с плательщиками прочих доходов" (5 205 80 000 "Расчеты по прочим доходам").

Согласно п. 73 инструкции, утв. приказом Минфина России от 16.12.2010 № 174н, п. 96 инструкции, утв. приказом Минфина России от 23.12.2010 № 183н (далее - Инструкция № 174н, 183н), возврат неиспользованных остатков целевой субсидии отражается по кредиту счета 5 201 11 610 и дебету счета 5 205 81 560 (5 205 80 560). На сумму возвращенной целевой субсидии способом "красное сторно" необходимо уменьшить показатели по исполнению плана ФХД по доходам (п. 177 Инструкции № 174н, п. 206 Инструкции № 183н).

В новых практических статьях справочника хозяйственных операций по "1С:БГУ 8" для бюджетных и автономных учреждений показано, как отразить в программе возврат в бюджет остатка целевой субсидии текущего года.