Каждый счет-фактура должен иметь порядковый номер. Номера присваиваются в хронологическом порядке (пп. "а" п. 1 Правил заполнения корректировочного счета-фактуры, утв. постановлением Правительства РФ от 26.12.2011 № 1137).

Счета-фактуры можно составлять и выставлять как на бумажном носителе, так и в электронной форме (п. 1 ст. 169 НК РФ). При этом, как поясняют специалисты Минфина России и ФНС России, для хранения электронные счета-фактуры распечатывать не нужно (см. письма Минфина России от 13.01.2016 № 03-03-06/1/259, ФНС России от 06.02.2014 № ГД-4-3/1984@.

Нумерация должна быть единой. Но если налогоплательщик выставляет счета-фактуры несколькими способами, в подшивке бумажных счетов-фактур нумерация будет с пропусками.

В разъяснении от 19.07.2017 № СД-4-3/14079@ специалисты налоговой службы отметили, что как-то фиксировать в сшиве счетов-фактур пропуски в нумерации (которые относятся к счетам-фактурам, выставленным в электронном виде) не требуется. Соответственно, подобная нумерация не является нарушением. Подробнее см. Оформление счета-фактуры.

Подробнее об оформлении счетов-фактур см. справочник "Налог на добавленную стоимость".