Согласно п. 1 ст. 122 НК РФ за неуплату или неполную уплату налога, возникшую в результате занижения налоговой базы, иного неправильного исчисления налога или других неправомерных действий, на организацию может быть наложен штраф в размере 20 процентов от неуплаченной суммы налога.

В письме от 20.07.2017 № 03-02-07/1/46270 Минфин России пояснил, что вышеуказанный штраф не налагается, если организация уплатила налог на прибыль полностью, но неправильно разбила его по бюджетам. Например, при уплате налога на прибыль за 2016 год по ставкам 2 процента (федеральный бюджет) и 18 процентов (бюджет субъекта РФ), она применила ставки 3 и 17 процентов, действующие в 2017 году. Соответственно в бюджете субъекта РФ образовалась недоимка по налогу на прибыль.

Минфин отметил, что ответственность, предусмотренная ст. 122 НК РФ, при такой ошибке не применяется, поскольку денежные средства полностью поступили в бюджетную систему РФ. В этом случае организация должна обратиться в налоговый орган с просьбой уточнить основание, тип и принадлежность платежа, представив соответствующее заявление и приложив к нему платежные поручения, подтверждающие уплату налога.