В письме от 30.03.2017 № 03-07-11/18544 Минфин России напомнил, что налоговая база по НДС определяется как стоимость товаров (работ, услуг) (п. 1 ст. 154 НК РФ).

Следовательно, при реализации автомобиля плательщиком утилизационного сбора, налоговая база по НДС в отношении такого транспортного средства определяется как его договорная цена. При этом по отдельным составляющим договорной цены налог на добавленную стоимость не уплачивается.

Аналогичные разъяснения Минфин России давал и письме от 27.05.2016 № 03-07-11/30606.

В связи с этим можно сделать вывод, что если в цене продаваемого автомобиля утилизационный сбор будет выделен отдельно, при исчислении НДС суммы такого сбора в налоговую базу не включаются.

Подробнее об определении налоговой базы см. справочник "Налог на добавленную стоимость".