Если организация (предприниматель) реализует сельхозпродукцию и продукты ее переработки, приобретенные у физлиц, которые не являются плательщиками НДС, то налоговой базой по НДС будет межценовая разница (п. 4 ст. 154 НК РФ). Другими словами, налог рассчитывается с разницы между рыночной ценой перепродажи (с учетом НДС) продукции и ценой ее покупки. Эти правила применяются к продукции, которая поименована в Перечне, утв. постановлением Правительства РФ от 16.05.2001 № 383.

Однако если налогоплательщик перепродает товары, изготовленные из указанной сельхозпродукции, то базу по НДС необходимо определять в общем порядке в соответствии с правилами п. 1 ст. 154 НК РФ, то есть исходя из рыночной стоимости. Такие пояснения содержатся в письме Минфина России от 11.07.2017 № 03-07-14/43942.

Подробнее об особенностях расчета НДС при реализации сельхозпродукции см. в справочнике "Налог на добавленную стоимость".