Если организация излишне удержала из доходов работника НДФЛ, то она должна вернуть его работнику на основании письменного заявления. При этом возврат налога производится в безналичной форме (ст. 231 НК РФ).

Согласно Порядку заполнения расчета по форме 6-НДФЛ (утв. приказом ФНС России от 14.10.2015 № ММВ-7-11/450@) по строке 090 раздела 1 указывается общая сумма налога, возвращенная налоговым агентом нарастающим итогом с начала налогового периода.

В письме от 17.07.2017 № БС-4-11/13832@ ФНС России разъяснила следующее. Если организация в 2017 году возвращает работнику НДФЛ, который излишне удержан в предыдущих налоговых периодах (например, в 2016 году), то этот налог должен быть отражен по строке 090 раздела 1 в расчете 6-НДФЛ в 2017 году. Уточненный расчет 6-НДФЛ за соответствующий налоговый период (за 2016 год) в этом случае не представляется.

Также ФНС отметила, что на сумму возвращенного налога следует скорректировать справку по форме 2-НДФЛ за тот период, в котором излишне удержан налог (например, за 2016 год) и, соответственно, представить в налоговый орган уточненную справку за этот период.

Разъяснения поддерживаются в учетных решениях "1С:Предприятия 8".

О порядке составления расчета 6-НДФЛ см. в справочнике "Отчетность по налогу на доходы физических лиц".