Если налогоплательщик использует приобретенные товары (работы, услуги) в операциях, которые как облагаются, так и не облагаются НДС, он должен вести раздельный учет сумм НДС (п. 4 ст. 170 НК РФ).

Но если доля расходов на приобретение, производство и (или) реализацию необлагаемых товаров (работ, услуг) не превышает 5 процентов общей величины совокупных расходов, организации могут не вести раздельный учет и принимать к вычету "входной" НДС в полном объеме (абз. 7 п. 4 ст. 170 НК РФ).

Если приобретенные товары (работы, услуги) используются только в операциях, которые не облагаются НДС, плательщику следует восстановить ранее принятый к вычету налог (п. 2 ст. 170 НК РФ). Это общее правило работает во всех случаях, а тот факт, что ранее налогоплательщик освобождался от ведения раздельного учета, значения не имеет.

Такую позицию представил Минфин России в письме от 05.04.2017 № 03-07-11/20205. Заметим, что ранее аналогичные выводы финансовое ведомство высказывало в письмах от 19.08.2016 № 03-07-11/48590, от 20.07.2015 № 03-07-15/41623.

Подробнее о правиле "5 процентов" см. справочник "Налог на добавленную стоимость".