По действующим правилам счет-фактура может быть составлен и выставлен покупателю на бумажном носителе и (или) в электронной форме.

В письме от 30.05.2017 № 03-07-09/33048 Минфин России указал следующее: если счет-фактура составлен и выставлен покупателю на бумажном носителе, то второй экземпляр счета-фактуры продавец должен хранить у себя также на бумажном носителе. Хранить такой счет-фактуру в электронной форме он не может, так как ни Налоговым кодексом, ни Правилами заполнения счета-фактуры это не предусмотрено. Так, в частности, п. 6 Правил установлено, что первый экземпляр счета-фактуры, составленного на бумажном носителе, выставляется покупателю, второй экземпляр остается у продавца.

Подробнее о счете-фактуре см. в справочнике "Налог на добавленную стоимость".