Плательщиками НДС признаются организации. Обособленные подразделения к налогоплательщикам НДС не относятся. Поэтому если организация реализует товары через обособленное подразделение, то счета-фактуры по отгруженным товарам обособленное подразделение должно выписывать только от имени организации и, соответственно, в строке 2б "ИНН/КПП продавца" счета-фактуры следует указывать ИНН организации и КПП обособленного подразделения. Об этом напомнил Минфин России в письме от 18.05.2017 № 03-07-09/30038.

Также в письме Минфин указал, что ошибки в счетах-фактурах, которые не препятствуют налоговым органам идентифицировать продавца, покупателя товаров (работ, услуг), имущественных прав, наименование товаров (работ, услуг), имущественных прав, их стоимость, а также налоговую ставку и сумму налога, предъявленную покупателю, не являются основанием для отказа в принятии к вычету сумм налога. Подробнее см. здесь.

Учет операций по обособленным подразделениям поддерживается в версии "Бухгалтерия предприятия КОРП".

Об оформлении счета-фактуры при реализации товаров через обособленное подразделение см. в справочнике "Налог на добавленную стоимость".