Если созданное по заказу программное обеспечение требует доработки, организация отразит его стоимость по счету 08 "Вложение во внеоборотные активы". По мнению Верховного Суда РФ, которое нашло свое отражение в определении от 31.03.2017 № 305-КГ17-1963, в этот же момент можно принять к вычету и "входящий" НДС по принятому на учет НМА на счете 08. Обусловлено это тем, что ст. 171, 172 НК РФ не ставят право на вычет НДС в зависимость от того, на каком счете бухгалтерского учета будет отражена созданная программа.

Подробнее о том, можно ли принять к вычету "входной" НДС, если приобретенный объект отражен на счете 08, см.: справочник "Налог на добавленную стоимость".