Если работник получает доход в натуральной форме или в виде материальной выгоды, то исчисленный с него НДФЛ организация сможет удержать только при ближайшей выплате дохода денежными средствами (абз. 2 п. 4 ст. 226 НК РФ). Таким образом, ранее исчисленный налог удерживается из любых денежных выплат. Главное, чтобы они признавались доходом для целей обложения НДФЛ.

К примеру, сумма займа доходом не является. Соответственно, с денежных средств, выплачиваемых физлицу при предоставлении займа или при его погашении, нельзя удержать НДФЛ. Это отметил Минфин России в письме от 05.05.2017 № 03-04-06/28037. А вот при выплате аванса по заработной плате сделать это можно.
Ведомство пояснило, что заработная плата признается облагаемым НДФЛ доходом. Аванс за первую половину месяца – составная часть заработной платы, поэтому также относится к объекту обложения НДФЛ.

Следовательно, работодатель вправе выплатить аванс за минусом НДФЛ с ранее полученного сотрудником дохода в натуральной форме или в виде материальной выгоды. Согласно абз. 2 п. 4 ст. 226 НК РФ удерживаемый налог не должен превышать 50 процентов суммы аванса.

Следует учитывать, что с самого аванса в момент его выплаты НДФЛ не удерживается. Это необходимо сделать при окончательной выплате заработной платы (с учетом аванса) за месяц (п. 2 ст. 223 НК РФ).

В учетных решениях "1С:Предприятие 8" ранее исчисленный НДФЛ при выплате аванса удержан автоматически не будет, необходимы ручные корректировки.