По действующим правилам работник может получить имущественный вычет по НДФЛ в организации, если представит заявление и уведомление о подтверждении права на получение такого вычета.

В письме от 12.04.2017 № БС-4-11/6925 ФНС России разъяснила, как заполнить раздел 1 расчета 6-НДФЛ, если работник представил необходимые документы в апреле 2017 года, следовательно, в 1-м квартале организация удерживала с доходов работника НДФЛ и отражала его по строке 070 раздела 1.

Налоговое ведомство указало, что сумма НДФЛ, возвращаемая работнику в апреле, отражается в разделе 1 расчета 6-НДФЛ за полугодие 2017 года. Эта операция должна быть отражена по строке 030 (сумма налоговых вычетов) и по строке 090 (сумма налога, возвращенная налоговым агентом). При этом строка 070 (сумма удержанного налога) не корректируется и на сумму НДФЛ, подлежащую возврату, не уменьшается.

Разъяснения поддерживаются в учетных решениях "1С:Предприятия 8".

О заполнении расчета 6-НДФЛ см. в справочнике "Отчетность по налогу на доходы физических лиц".