Если счет-фактуру заполняет предприниматель, он должен указать в нем реквизиты свидетельства о государственной регистрации в качестве ИП. Это следует из формы счета-фактуры и правил его заполнения.

Однако с 1 января 2017 года выдача свидетельств отменена, вместо них налоговый орган выдает предпринимателям Лист записи (по форме № Р60009), который содержит информацию о дате внесения записи о предпринимателе в ЕГРИП и ОГРНИП. Соответственно, предприниматели, зарегистрированные после указанной даты, свидетельств не имеют.

В письме от 27.04.2017 № 03-07-09/25676 Минфин России разъяснил, что такие предприниматели в счете-фактуре должны указывать данные Листа записи ЕГРИП.

Подробнее об оформлении счета-фактуры см. в справочнике "Налог на добавленную стоимость".