В письме от 16.03.2017 № 03-07-14/15062 Минфин России напомнил, что не облагается НДС реализация прав на программы на основании лицензионного договора. При этом не имеет значения, каким способом заключен такой договор (пп. 26 п. 2 ст. 149 НК РФ).

Следовательно, даже если неисключительные права на программу передаются по лицензионному договору, заключенному в электронной форме через Интернет (скачивается по ссылке), НДС такая операция не облагается.