Если организация установила работнику два рабочих места (по месту нахождения организации и по месту нахождения обособленного подразделения), то НДФЛ с доходов такого работника должен перечисляться в бюджет по месту нахождения организации и по месту нахождения обособленного подразделения. В этом случае сумма налога, подлежащая перечислению в бюджет, определяется с учетом фактически отработанного работником времени на основании табеля учета рабочего времени и сведений, отражаемых в справках о местонахождении работника за соответствующий расчетный период.

На это указал Минфин России в письме от 01.03.2017 № 03-04-06/11798. Финансовое ведомство отметило, что такой порядок следует из п. 7 ст. 226 НК РФ, согласно которому налоговые агенты (российские организации, имеющие обособленные подразделения) обязаны перечислять исчисленные и удержанные суммы налога в бюджет как по месту своего нахождения, так и по месту нахождения каждого своего обособленного подразделения. При этом сумма налога, подлежащая уплате в бюджет по месту нахождения обособленного подразделения, определяется исходя из суммы дохода, подлежащего налогообложению, начисляемого и выплачиваемого работникам этого обособленного подразделения.

Такие разъяснения поддерживаются в учетных решениях "1С:Предприятия 8".

Подробнее об исполнении обязанностей налогового агента по НДФЛ см. в справочнике "Налог на доходы физических лиц".