Минфин России пояснил вопрос начисления НДФЛ и налога на прибыль при направлении сотрудника, находящегося в отпуске, в командировку (письмо от 17.01.2017 № 03-04-06/1546).

По правилу, закрепленному в п. 3 ст. 217 НК РФ, не облагаются НДФЛ компенсируемые работодателем расходы на проезд работника до места назначения (командировки) и обратно.

К таким расходам, которые не облагаются НДФЛ, относится стоимость проезда в командировку из места отпуска и стоимость проезда из командировки к месту работы. Также эти расходы можно учесть в составе прочих расходов при начислении налога на прибыль (пп. 12 п. 1 ст. 264 НК РФ).

Оплата иного проезда сотрудника (к месту отпуска, из командировки к месту отпуска, от места отпуска домой) является доходом работника, с которого следует заплатить НДФЛ. Учесть в расходах такую оплату не получится, так как она экономически не обоснованна (ст. 252 НК РФ).

Подробнее об исчислении НДФЛ с компенсации проезда сотрудника в командировку из места отпуска см. в справочнике "Налог на доходы физических лиц".