Первоначальная стоимость основного средства может меняться в случае модернизации (п. 14 ПБУ 6/01). Затраты на модернизацию основного средства относятся на увеличение первоначальной стоимости объекта (п. 26, п. 27 ПБУ 6/01) и учитываются на счете 08 "Вложения во внеоборотные активы" с последующим списанием в дебет счета учета основного средства либо учитываются обособленно на счете 01 "Основные средства" с заведением отдельной инвентарной карточки на сумму произведенных затрат (п. 42 Методических указаний).

О том, как в программе отразить модернизацию объекта основных средств без увеличения срока полезного использования, см. в актуализированной статье "Справочника хозяйственных операций. 1С:Бухгалтерия 8":

• Модернизация основных средств без увеличения срока полезного использования