Согласно п. 3 ст. 80 НК РФ налогоплательщики, отнесенные к категории крупнейших, представляют все налоговые декларации (расчеты) в налоговый орган по месту учета в качестве крупнейших налогоплательщиков.

В письме от 03.02.2017 № 03-15-06/5796 Минфин России разъяснил, что эта норма к расчетам по страховым взносам не применяется, поскольку понятие "налогоплательщик" не является тождественным понятию "плательщик страховых взносов". Поэтому организации, относящиеся к крупнейшим налогоплательщикам, должны представлять расчеты по страховым взносам в порядке, установленном п. 11 ст. 431 НК РФ. Согласно этому пункту организации уплачивают страховые взносы и представляют расчеты по ним по месту их нахождения и по месту нахождения обособленных подразделений, которые начисляют выплаты и иные вознаграждения в пользу физических лиц.

Таким образом, организация, относящаяся к категории крупнейших налогоплательщиков, обязана представлять расчеты по страховым взносам в налоговый орган по месту своего нахождения (если у нее нет обособленных подразделений, которые начисляют выплаты физлицам).