С одной стороны, реорганизуемая организация (плательщик НДС) не обязана восстанавливать ранее принятый к вычету входной НДС при передаче правопреемнику основных средств (п. 8 ст. 162.1, абз. 1 пп. 2 п. 3 ст. 170 НК РФ). С другой стороны, налоговый вычет следует восстановить, если основные средства будут использоваться в необлагаемых операциях, в т.ч. при применении налогоплательщиком УСН (абз. 1 пп. 2 п. 3 ст. 170 НК РФ).

На вопрос, должен ли правопреемнику на УСН, восстанавливать входной НДС по основным средствам, полученным от реорганизованной организации в соответствии с разделительным балансом или передаточным актом, суды отвечают по-разному. Так, некоторые исходят из того, что правопреемник обязан восстановить налог в таком случае, ссылаясь на положения пп. 2 п. 3 ст. 170 НК РФ (см. постановление АС Западно-Сибирского округа от 10.03.2015 № Ф04-16591/2015, А03-13148/2014). Однако есть суды, отрицающие такую обязанность налогоплательщика (см. постановление АС Волго-вятского от 19.05.2015 № Ф01-1614/2015).

Подробнее см. справочник "Налог на добавленную стоимость".