Глава 21 Налогового кодекса РФ не предусматривает особенностей исчисления и уплаты НДС в отношении услуг бюджетного учреждения по предоставлению в аренду имущества. Плательщиком налога является само учреждение-арендодатель. Арендатор налоговым агентом не признается. Такой вывод содержит письмо Минфина России от 07.07.2016 № 03-07-14/39827. Аналогичная точка зрения ранее высказывалась в отношении услуг автономного учреждения (письмо Минфина России от 11.03.2012 № 03-07-11/66).

Что касается услуг, оказываемых казенными учреждениями, в т.ч. по предоставлению в аренду государственного (муниципального) имущества, они не являются объектом налогообложения НДС на основании подп. 4.1 п. 2 ст. 146 НК РФ (письмо Минфина России от 04.02.2016 № 03-07-14/5448).

Только когда арендодателем выступает орган государственной власти и управления, орган местного самоуправления, НДС определяют налоговые агенты – арендаторы (п. 3 ст. 161 НК РФ). Причем при решении вопроса, уплачивать агенту НДС или нет, нужно разобраться, выполняет арендодатель в данном случае полномочия органа власти (имущество составляет казну публично-правового образования) или действует как обычное казенное учреждение (имущество закреплено за ним на праве оперативного управления). Подробнее читайте здесь.