Предприниматель на УСН при продаже недвижимого имущества (в том числе земельного участка) уплачивает налоги в следующем порядке:

• Если деятельность по продаже недвижимого имущества указана предпринимателем в ЕГРИП или это имущество использовалось в предпринимательской деятельности, то доходы от продажи такого имущества включаются в налоговую базу и облагаются налогом по УСН.
• Если деятельность по продаже недвижимого имущества не указана в ЕГРИП и оно не использовалось в предпринимательской деятельности, то доходы от продажи такого имущества подлежат обложению НДФЛ.

Такие разъяснения даны в письмах Минфина России от 18.07.2016 № 03-11-11/41910 и от 14.07.2016 № 03-04-05/41193.