На сумму превышения аванса над величиной налога пени не начисляются.
В соответствии с действующим законодательством если налогоплательщик на УСН выбрал в качестве объекта налогообложения доходы, уменьшенные на величину расходов, то по итогам каждого отчетного периода он исчисляет сумму авансового платежа по единому налогу. При исчислении этого платежа суммы доходов и расходов рассчитываются нарастающим итогом (п. 4 ст. 346.21 НК РФ). Отчетными периодами являются квартал, полугодие, девять месяцев (ст. 346.19 НК РФ).
За несвоевременное перечисление авансового платежа начисляются пени (п. 3 ст. 58 НК РФ, ст. 75 НК РФ).
По результатам налогового периода (года) уплачивается сам налог за минусом авансовых платежей (п. 1, 5 ст. 346.21 НК РФ). Но если у налогоплательщика, применяющего УСН с объектом налогообложения "доходы минус расходы", за налоговый период сумма исчисленного налога меньше суммы минимального налога, необходимо уплачивать минимальный налог (п. 6 ст. 346.18 НК РФ).
При этом сумма исчисленных в течение года авансовых платежей может превысить сумму исчисленного по результатам года налога или минимального налога. В таком случае, по мнению финансового ведомства, сумма пеней за несвоевременное перечисление авансового платежа подлежит соразмерному в отношении этой суммы налога (минимального налога) уменьшению.
Указанные разъяснения представлены в письме Минфина России от 24.02.2015 № 03-11-06/2/9012.
Отметим, что в разъяснениях Минфин России учел позицию Высшего Арбитражного Суда, изложенную в постановлении Пленума ВАС РФ от 30.07.2013 № 57 "О некоторых вопросах, возникающих при применении арбитражными судами части первой Налогового кодекса Российской Федерации".