Согласно п. 7 ст. 226 НК РФ налоговые агенты – российские организации, имеющие обособленные подразделения, обязаны перечислять исчисленные и удержанные суммы НДФЛ в бюджет по месту своего нахождения и по месту нахождения каждого обособленного подразделения.

По месту нахождения обособленного подразделения перечисляется НДФЛ с доходов, выплачиваемых по договорам гражданско-правового характера физическим лицам, если договоры заключены обособленным подразделением от имени организации.

В письме от 04.07.2016 № БС-4-11/11951@ ФНС России рассмотрела вопрос, куда уплачивать налог и представлять отчетность, если договор гражданско-правового характера (договор аренды недвижимого имущества) с физическим лицом заключила организация, а не обособленное подразделение.

Налоговое ведомство разъяснило следующее.

Если договор аренды недвижимого имущества заключила организация, то НДФЛ, удержанный при выплате арендной платы физлицу, перечисляется в бюджет по месту нахождения организации. Соответственно, в налоговый орган по месту нахождения организации представляются формы 2-НДФЛ и 6-НДФЛ, заполненные в отношении указанного физлица.

Если договор аренды недвижимого имущества заключило обособленное подразделение от имени организации, то НДФЛ, удержанный при выплате арендной платы физлицу, перечисляется в бюджет по месту нахождения подразделения. Также в налоговый орган по месту нахождения обособленного подразделения представляются формы 2-НДФЛ и 6-НДФЛ, заполненные в отношении указанного физлица.

ФНС России отметила, что изложенный порядок перечисления НДФЛ и представления форм 2-НДФЛ и 6-НДФЛ применяется независимо от места нахождения принадлежащего физлицам на праве собственности недвижимого имущества, сдаваемого в аренду.

Подробнее об НДФЛ с оплаты по гражданско-правовому договору см. в справочнике "Налог на доходы физических лиц".