Выездная налоговая проверка организации с обособленными подразделениями, как правило, проводится в виде комплексной проверки, в результате которой одновременно проверяются организация и ее обособленные подразделения.

В письме от 27.06.2016 № 03-02-07/1/37277 Минфин России рассмотрел вопрос, вправе ли налоговые органы проводить такую проверку, если Налоговым кодексом она не предусмотрена.

Финансовое ведомство разъяснило, что комплексная выездная налоговая проверка не является самостоятельным видом проверки, а является обычной выездной налоговой проверкой организации, при которой одновременно проверяются ее филиалы, представительства и иные обособленные подразделения. Проведение такой проверки не нарушает права организации, поскольку не является дополнительным видом налогового контроля, не предусмотренного Налоговым кодексом. Следовательно, налоговые органы вправе проводить указанные проверки.