По общему правилу уплата ЕНВД освобождает налогоплательщика от уплаты НДС по соответствующему виду деятельности (п. 4 ст. 346.26 НК РФ). В то же время по результатам налоговой проверки может быть установлен факт неправомерного применения ЕНВД. Это значит, что за период использования ЕНВД налогоплательщик должен уплатить налоги (в т.ч. НДС) в соответствии с общим режимом налогообложения (если он не переведен на УСН или ЕСХН).

В постановлении от 23.01.2015 № Ф09-9178/14 Арбитражный суд Уральского округа рассмотрел вопрос освобождения от уплаты НДС в указанной ситуации.

Как отметили арбитры, п. 1 ст. 145 НК РФ предусматривает право организаций и индивидуальных предпринимателей на освобождение от исполнения обязанностей налогоплательщика НДС, если за три предшествующих последовательных календарных месяца сумма выручки от реализации товаров (работ, услуг) не превысила в совокупности двух миллионов рублей.

Для этого в налоговую инспекцию необходимо представить соответствующее письменное уведомление и документы, которые подтверждают право на такое освобождение. Такие документы необходимо представить не позднее 20-го числа месяца, начиная с которого используется право на освобождение (п. 3 ст. 145 НК РФ).

Вместе с тем судьи обратили внимание, что отсутствие порядка реализации права на освобождение от обязанностей плательщика НДС в случае, когда предпринимателю стало известно о необходимости исчислять НДС по итогам налоговой проверки, не препятствует применению такого освобождения.

Следовательно, если налогоплательщик на момент наступления срока для подтверждения права на освобождение от уплаты НДС не считал себя обязанным по его уплате в связи с применением ЕНВД, он может воспользоваться освобождением по ст. 145 НК РФ, несмотря на пропуск срока подачи подтверждающих документов.

Отметим, что в своем решении суд учел выводы, изложенные Президиумом ВАС РФ в постановлениях от 24.09.2013 № 3365/13 и от 25.06.2013 № 1001/13.

Кроме того, Пленум ВАС РФ в п. 2 постановления от 30.05.2014 № 33 разъяснил следующее. По смыслу п. 3 ст. 145 НК РФ налогоплательщик лишь информирует налоговый орган о своем намерении использовать право на освобождение от уплаты НДС, а последствия нарушения срока уведомления законом не определены. При этом в силу этой же нормы такое уведомление может быть произведено и после начала применения освобождения от уплаты НДС. Поэтому лицам, фактически использовавшим в соответствующих налоговых периодах указанное освобождение, не может быть отказано в этом только лишь по мотиву непредставления в установленный срок уведомления и документов.

Подробнее об освобождении от уплаты НДС см. в справочнике "Налог на добавленную стоимость".