В письме от 18.12.2014 № ГД-4-3/26274 ФНС России дала ответ на вопрос, можно ли принять к вычету НДС по счету-фактуре, который выставлен при осуществлении необлагаемой НДС операции. Специалисты налоговой службы напомнили, что лица, не являющиеся плательщиками НДС (или освобожденные от уплаты НДС), а также налогоплательщики в случае реализации товаров (работ, услуг), не подлежащих обложению НДС, не должны составлять счета-фактуры. При этом если такие лица все же предъявят покупателю (заказчику) счет-фактуру с выделенной суммой налога, они обязаны перечислить налог в бюджет (п. 5 ст. 173 НК РФ). А покупатель, оплативший такой счет-фактуру, имеет право заявить вычет НДС в общем порядке, то есть при соблюдении требований ст. ст. 171 – 172 НК РФ.

До публикации комментируемого письма контролирующие органы высказывали прямо противоположную позицию по данному вопросу. Они признавали неправомерным вычет НДС в случае, когда счет-фактура получен от контрагента, не являющегося плательщиком данного налога или осуществляющего необлагаемые НДС операции (см., например, письма Минфина России от 18.11.2013 № 03-07-11/49526, от 16.05.2011 № 03-07-11/126, ФНС России от 15.07.2009 № 3-1-10/501@).

О том, какие аргументы ранее приводили чиновники и как реагировали суды, см. статью-рекомендацию справочника "Налог на добавленную стоимость".