Для подтверждения права на применение нулевой ставки НДС налогоплательщик должен представить комплект документов, в состав которых входят, в том числе, транспортные (товаросопроводительные) и иные документы с отметками таможенных органов мест убытия, подтверждающими фактический вывоз товаров за пределы РФ (пп. 4 п. 1 ст. 165 НК РФ). Однако следует учитывать, что при вывозе товаров за пределы РФ морским транспортом отметка пограничных таможенных органов "Товар вывезен" на транспортных (товаросопроводительных) документах не проставляется. Это прямо следует из п. 15 Порядка, утв. приказом ФТС России от 18.12.2006 № 1327. Нет такого требования и в НК РФ. В данном случае в налоговые органы представляются (пп. 4 п. 1 ст. 165 НК РФ):

• копия поручения на отгрузку экспортируемых грузов с указанием порта разгрузки с отметкой "Погрузка разрешена" пограничной таможни РФ;
• копии коносамента, морской накладной или любого иного документа, подтверждающего факт приема товара к перевозке, в котором в графе "Порт разгрузки" указано место, находящееся за пределами территории РФ.

Поэтому если погрузка товаров осуществлялась в регионе деятельности пограничного таможенного органа, отказ в применении нулевой ставки НДС по причине отсутствия на каком-либо из указанных выше документов отметки "Товар вывезен" неправомерен. К такому выводу пришел ФАС Дальневосточного округа в постановлении от 19.05.2014 № Ф03-1665/2014.

Подробнее о последствиях отсутствия отметки о вывозе экспортных товаров на транспортных (товаросопроводительных) документах см. в справочнике "Налог на добавленную стоимость".