Согласно п. 2 ст. 288 НК РФ организация, имеющая обособленные подразделения, налог на прибыль, подлежащий зачислению в бюджеты субъектов РФ, должна уплачивать по месту нахождения организации, а также по месту нахождения каждого обособленного подразделения исходя из доли прибыли, приходящейся на эти подразделения.

Если организация и ее обособленное подразделение находятся на территории одного субъекта Российской Федерации, то налогоплательщик вправе принять решение об уплате налога на прибыль в бюджет этого субъекта Российской Федерации за свое обособленное подразделение по месту нахождения организации.

Согласно п. 1.4 Порядка заполнения декларации по налогу на прибыль (утв. приказом ФНС России от 26.11.2014 № ММВ-7-3/600@) организации, имеющие обособленные подразделения, представляют декларации по месту нахождения организации, а также по месту нахождения обособленных подразделений.

В письме от 18.02.2016 № 03-03-06/1/9188 Минфин России разъяснил порядок представления декларации в случае, если налог на прибыль в бюджет субъекта РФ за обособленное подразделение уплачивается по месту нахождения организации.

Финансовое ведомство указало, что названном случае налогоплательщик вправе представлять декларацию по налогу на прибыль только в налоговый орган по месту нахождения организации. В налоговый орган по месту нахождения обособленного подразделения ее представлять не нужно.

О порядке заполнения декларации по налогу на прибыль см. в справочнике "Отчетность по налогу на прибыль организаций".