Согласно п. 7 ст. 171 НК РФ вычетам подлежат суммы НДС, уплаченные по расходам на командировки (в частности, по проезду к месту командировки и обратно, включая расходы на пользование в поездах постельными принадлежностями). С 1 января 2016 года стоимость проезда в поездах и стоимость услуг по предоставлению в пользование постельными принадлежностями облагается НДС по разным ставкам: 10 и 18 процентов соответственно. Однако в билетах НДС может указываться общей суммой без разделения по ставкам.

Как принять НДС к вычету в таком случае Минфин России разъяснил в письме от 26.02.2016 № 03-07-11/11033. Финансовое ведомство указало, что при приобретении железнодорожных билетов для проезда сотрудников организации к месту служебной командировки и обратно к вычету принимается сумма НДС, выделенная отдельной строкой в железнодорожном билете.

Таким образом, при приобретении железнодорожного билета, в котором НДС указан общей суммой без разделения по ставкам, вычет применяется в общем порядке.

Отметим, что недавно ОАО "РЖД" выпустило письмо от 16.02.2016 № ИСХ-2141/ЦБС, в котором проинформировало, куда в случае необходимости могут обратиться организации, чтобы получить данные о стоимости услуг и сумме НДС в разрезе ставок, указанных в железнодорожном билете. Подробнее об этом см. здесь.

В учетных решениях 1С реализована возможность регистрации билетов, в которых сумма НДС указана без деления по ставкам.

Подробнее о вычете НДС по командировочным расходам см. в справочнике "Налог на добавленную стоимость".